環(huán)狀RNA芯片定制檢測服務交付標準
參考價 | ¥ 1000 |
訂貨量 | ≥1 件 |
- 公司名稱 上海研謹生物科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號
- 產地
- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2021/1/12 22:17:47
- 訪問次數(shù) 1510
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價格區(qū)間 | 面議 | 儀器種類 | 微流控芯片系統(tǒng) |
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應用領域 | 醫(yī)療衛(wèi)生,生物產業(yè) |
環(huán)狀RNA芯片定制檢測服務
實驗技術簡介: 環(huán)狀RNA (ircRNA) 是區(qū)別于傳統(tǒng)線性RNA的一類新型RNA,具有閉合環(huán)狀結構,大量存在于真核轉錄組中。大部分的環(huán)狀RNA是由外顯子序列構成,在不同的物種中具有保守性,同時存在組織及不同發(fā)育階段的表達特異性。由于環(huán)狀RNA對核酸酶不敏感,所以比線性RNA更為穩(wěn)定, 這使得環(huán)狀RNA在作為新型診斷標記物的開發(fā)應用上具有明顯優(yōu)勢。近來研究顯示,環(huán)狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用,稱之為競爭性內源RNA (ceRNA) , 能競爭性結合miRNA。而與疾病關聯(lián)性miRNA的相互作用說明環(huán)狀RNA對疾病的調控起著非常重要的作用。
實驗操作流程:
1、樣品RNA抽提
2、RNA質量檢測
①使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值,以計算濃度并評估純度。
②用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳,檢測RNA純度及完整性。
③提供RNA QC報告。
3、RNase R處理
4、cDNA/aRNA樣品合成和標記
5、標記效率質量檢測使用Nanodrop檢測熒光標記效率,標記效率合格以保證后續(xù)芯片實驗結果的可靠性。
6、芯片雜交
在標準條件下將標記好的探針和高密度基因組芯片進行雜交。
7、圖像采集和數(shù)據分析
使用GenePix 4000B芯月掃描儀掃描芯片的熒光強度,并將實驗結果轉換成數(shù)字型數(shù)據保存,使用配套軟件對原始數(shù)據進行分析運算。
8、提供實驗報告
①Scanning Image: Cy3熒光掃描圖像;
②Scatter Plot:散點圖,X軸為Control信號值,Y軸為Experiment信號值, 表示信號數(shù)據總體分布趨勢;
③Raw Data:探針的掃描熒光信號強度原始數(shù)據;
④Normalized Data:經過統(tǒng)計學方法標準化后數(shù)值;
⑤P-value: T-test統(tǒng)計分析顯著差異表達的基因,p-value越小, 該circRNA在兩組樣本間差異表達越顯著
⑥significant Up & Down Regulated CircRNA List:顯著差異表達的circRNA列表包含F(xiàn)old Change, p-valuel以及circRNA的詳細注釋信息(相應的線性mRNA和miRNA結合位點)。
客戶提供:
1、實驗對象為組織樣品,取適量(50-100mg) 新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品,使用
BioPulverizer TM冰凍粉碎組織,加1m的RNA抽提試劑TRIzol (Invitrogen) ,使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。
2、實驗對象為細胞樣品,每份樣品取1x106~ 1x107細胞,加1m的RNA抽提試劑TRIzol (樣品為貼壁細胞,每10cm2培養(yǎng)皿TRIzo1使用量為1ml),裂解后抽提RNA。
交付標準:
1、芯片檢測數(shù)據
2、完整的實驗操作規(guī)程、實驗報告(含軟件分析結果)以及實驗材料
實驗代做服務:
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