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①主要(優(yōu)勢(shì))菌群：指腸道菌群中數(shù)量大或種群密集度大的細(xì)菌，一般在10～10cfu/g以上，包括類桿菌屬、優(yōu)桿菌屬、雙歧桿菌屬、瘤胃球菌屬和梭菌屬等專性厭氧菌，通常屬于原籍菌群。優(yōu)勢(shì)菌群是對(duì)宿主發(fā)揮生理功能的菌群，在很大程度上影響著整個(gè)菌群的功能，決定著菌群對(duì)宿主的生理病理意義。
②次要菌群：數(shù)量在10～10cfu/g以下，主要為需氧菌或兼性厭氧菌，如大腸桿菌和鏈球菌等，流動(dòng)性大，有潛在致病性，大部分屬于外籍菌群或過(guò)路菌群。
乳桿菌在數(shù)量上歸為次要菌群，在回腸中含量較高，但是其具有較為重要的功能，因此在功能上歸屬于優(yōu)勢(shì)菌群。
優(yōu)勢(shì)菌群與微生境的特征密切相關(guān)，以厭氧菌為主的優(yōu)勢(shì)菌群，一般生存在清除速率較低、營(yíng)養(yǎng)豐富的微生境，如結(jié)腸，所以菌群密集度和多樣性高；而兼性或需氧菌群一般生活在清除速率高的微生境，如小腸近端，其菌群密集度和菌群多樣性較低，由于菌群密集度低，很難稱得上是“優(yōu)勢(shì)菌群"；在酸性微生境中，耐酸、產(chǎn)酸的細(xì)菌成為優(yōu)勢(shì)菌群。微生境的改變，可使菌群中的優(yōu)勢(shì)菌群發(fā)生替換，如便秘時(shí)大便優(yōu)勢(shì)菌群主要是革蘭陰性厭氧菌，慢性腹瀉時(shí)常見(jiàn)革蘭陽(yáng)性桿菌為優(yōu)勢(shì)菌群，而在嚴(yán)重急性腹瀉時(shí)大便中的優(yōu)勢(shì)菌群為致病性細(xì)菌或某些兼性/需氧細(xì)菌。在腸道中，盡管專性厭氧菌是主要菌群，占據(jù)優(yōu)勢(shì)，但這些菌群又依賴于需氧菌或兼性厭氧菌等次要菌群的存在，因?yàn)楹笳咴谠鲋尺^(guò)程中消耗氧氣，保證前者的生長(zhǎng)條件。一個(gè)生理性組合的腸道菌群是有益的，而病理性組合的腸道菌群是有害的。
人體腸道內(nèi)的微生物中，超過(guò)99%都是細(xì)菌，存活著數(shù)量大約有100兆個(gè)，有500～1000個(gè)不同的種類。這些數(shù)目龐大的細(xì)菌大致可以分為三個(gè)大類：有益菌、有害菌和中性菌。
有益菌，也稱之為益生菌，主要是各種雙歧桿菌、乳酸桿菌等，是人體健康*的要素，可以合成各種維生素，參與食物的消化，促進(jìn)腸道蠕動(dòng)，抑制致病菌群的生長(zhǎng)，分解有害、有毒物質(zhì)等。
有害菌，數(shù)量一旦失控大量生長(zhǎng)，就會(huì)引發(fā)多種疾病，產(chǎn)生致癌物等有害物質(zhì)，或者影響免疫系統(tǒng)的功能。
中性菌，即具有雙重作用的細(xì)菌，如大腸桿菌、腸球菌等，在正常情況下對(duì)健康有益，一旦增殖失控，或從腸道轉(zhuǎn)移到身體其他部位，就可能引發(fā)許多問(wèn)題。
人體的健康與腸道內(nèi)的益生菌群結(jié)構(gòu)息息相關(guān)。腸道菌群在長(zhǎng)期的進(jìn)化過(guò)程中，通過(guò)個(gè)體的適應(yīng)和自然選擇，菌群中不同種類之間，菌群與宿主之間，菌群、宿主與環(huán)境之間，始終處于動(dòng)態(tài)平衡狀態(tài)中，形成一個(gè)互相依存，相互制約的系統(tǒng)，因此，人體在正常情況下，菌群結(jié)構(gòu)相對(duì)穩(wěn)定，對(duì)宿主表現(xiàn)為不致病。
有研究指出，體魄強(qiáng)健的人腸道內(nèi)有益菌的比例達(dá)到70%，普通人則是25%，便秘人群減少到15%，而癌癥病人腸道內(nèi)的益生菌的比例只有10%。