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為什么非要檢測rcAAV,rcAAV到底有什么風(fēng)險?

2024-7-3  閱讀(121)

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腺相關(guān)病毒AAV簡介

早期基因治療曾嘗試腺病毒載體,但因其免疫原性過強和導(dǎo)入的環(huán)狀DNA可能在細胞分裂中丟失而被AAV取代。AAV是一種無包膜單鏈DNA病毒,屬于細小病毒家族。AAV作為最早通過歐盟FDA認證的基因治療載體,因其具有宿主范圍廣、非致病性、低免疫原性、長期穩(wěn)定表達外源基因、良好的擴散性能和物理性質(zhì)穩(wěn)定等優(yōu)點,已被廣泛地應(yīng)用于基礎(chǔ)研究和臨床試驗中。


目前已發(fā)現(xiàn)AAV有12種亞型及120多種變型,并逐步用于基因藥物研發(fā)。rAAV攜帶的蛋白衣殼與野生型AAV幾乎相同,然而衣殼內(nèi)的基因組中編碼病毒蛋白的部分被刪除,取而代之的是治療性轉(zhuǎn)基因(transgene)。


AAV基因組中被保留的部分是ITRs,它起到指導(dǎo)基因組的復(fù)制和病毒載體組裝的作用。將編碼病毒蛋白刪除,一方面可以重組AAV攜帶轉(zhuǎn)基因的容量,另一方面可以減小病毒載體的免疫原性和細胞毒性。


通常情況下AAV不能獨立復(fù)制,只有在輔助病毒(如腺病毒、單純皰疹病毒、痘苗病毒)存在時才能進行復(fù)制。


為什么非要檢測rcAAV,rcAAV到底有什么風(fēng)險?


復(fù)制型腺相關(guān)病毒(rcAAV)概念及法規(guī)監(jiān)管要求

在重組腺相關(guān)病毒(rAAV)載體生產(chǎn)過程中,轉(zhuǎn)染用質(zhì)粒DNA與rAAV會由于物理接近而導(dǎo)致rAAV載體基因組、Rep/Cap基因以及ITR序列發(fā)生非同源重組,這些重組序列被誤包后就形成了具有復(fù)制能力的AAV,即復(fù)制型腺相關(guān)病毒(rcAAV)。


重組腺相關(guān)病毒載體收獲液、純化后的重組腺相關(guān)病毒原液、終產(chǎn)品等都可能有復(fù)制型腺相關(guān)病毒(rcAAV)的存在。rcAAV的存在可能不會引起rAAV產(chǎn)品的顯著安全性風(fēng)險,但是會增強或干擾治療用rAAV 的作用效果或者導(dǎo)致rAAV載體基因序列的漂移 ,影響其基因組穩(wěn)定性以及體內(nèi)轉(zhuǎn)導(dǎo)效率等。因此,規(guī)?;a(chǎn)過程中監(jiān)測和產(chǎn)品放行時檢測rcAAV十分重要。


隨著病毒載體在CGT領(lǐng)域應(yīng)用越來越廣泛,相關(guān)法規(guī)和技術(shù)原則對監(jiān)測復(fù)制型病毒提出了建議。


  • CDE 2022年發(fā)布《體內(nèi)基因治療產(chǎn)品藥學(xué)研究與評價技術(shù)指導(dǎo)原則(試行)》和《體外基因修飾系統(tǒng)藥學(xué)研究與評價技術(shù)指導(dǎo)原則(試行)》都提到病毒載體制備工藝中,復(fù)制型病毒是安全性風(fēng)險關(guān)注點之一,應(yīng)采用經(jīng)驗證的方法開展檢測,如指示細胞培養(yǎng)法、直接qPCR法等。


  • 2020年11月歐洲的藥品監(jiān)管機構(gòu)EMA也發(fā)布了指南“Guideline on quality,non- clinical and clinical aspects of medicinal products containing genetically modified cells",要求從病毒載體的設(shè)計上應(yīng)盡可能降低與野生型病毒相關(guān)的任何致病性,并盡可能將病毒重組和回復(fù)突變的風(fēng)險降到低,同時在產(chǎn)品的生產(chǎn)和應(yīng)用的不同階段進行RCL等的控制,以保障患者的用藥安全。


  • 2020年1月28日,F(xiàn)DA發(fā)布的《關(guān)于細胞與基因治療申請(INDs)的化學(xué)、制造和控制(CMC)指導(dǎo)原則》中提到:對于復(fù)制型腺相關(guān)病毒rcAAV的檢測,可以采用在輔助病毒存在的情況下擴增AAV,然后進行PCR檢測rep/ITR序列,以及在對載體制備進行DNase消化后進行PCR檢測rep和cap序列等。但該指導(dǎo)原則表明:不推薦用于檢測rcAAV的特定方法,藥企等應(yīng)在IND中說明所用的檢測方法和檢測靈敏度。


為什么非要檢測rcAAV,rcAAV到底有什么風(fēng)險?


復(fù)制型腺相關(guān)病毒(rcAAV)的檢測

中美歐三國監(jiān)管機構(gòu)對于復(fù)制型病毒的控制階段和檢測要求基本相同,在產(chǎn)品生產(chǎn)的各個階段以及在接受基于病毒載體的基因治療的患者后續(xù)監(jiān)測中進行檢測。并且各監(jiān)管機構(gòu)推薦的復(fù)制型病毒的檢測方法均是指示細胞培養(yǎng)法,該方法是復(fù)制型病毒檢測的金標準。

復(fù)制型腺相關(guān)病毒(rcAAV)的形成主要歸因于ITR中的同源序列和相鄰序列與rep/cap元件之間可能出現(xiàn)的重組事件。目前,rcAAV檢測常采用2種方法:基于細胞培養(yǎng)的檢測方法和qPCR快檢法(直接檢測法)。

FDA的指導(dǎo)原則建議通過全面的質(zhì)量研究確認產(chǎn)品的關(guān)鍵質(zhì)量屬性,由于下述rcAAV的兩種檢測方法各有優(yōu)缺點,可考慮同時采用原理互補的不同方法進行研究。


//

基于細胞培養(yǎng)的檢測方法

通過不斷的細胞傳代使rcAAV實現(xiàn)擴增,之后再利用qPCR或Southern-blot方法進行檢測,保證檢測到的rcAAV都具有復(fù)制能力,是目前常用的檢測方法。


但是該方法也有它的缺陷:檢測靈敏度依賴于AAV不同血清型對靶細胞的感染效率,檢測值可能低于實際值;培養(yǎng)方法和檢測平臺建立也有難度,需建易感細胞株、輔助病毒庫等,耗時長且投入成本較高。


//

qPCR快檢法(直接檢測法)

對rAAV原液或終產(chǎn)品提取核酸后,直接利用qPCR法檢測rcAAV,靶標基因一般為ITR、Rep、Cap等的連接序列,可實現(xiàn)對rcAAV上兩種基因的檢測,提高準確性。


其缺點為:檢測片段短,不能保證檢測目標具備rcAAV復(fù)制所需完整序列,導(dǎo)致檢出的rcAAV不一定有復(fù)制能力,檢測值相較實際值偏高。


因此,針對rcAAV的檢測開發(fā)一款既能用于細胞培養(yǎng)后的終點檢測,也能用于rcAAV直接檢測的qPCR試劑盒,對于實現(xiàn)兩種檢測方法的互補驗證非常有必要。


針對上述情況,翌圣生物自主研發(fā)了復(fù)制型腺相關(guān)病毒血清型2 (rcAAV2)檢測試劑盒,基于熒光探針定量PCR原理,采用qPCR法分別檢測rAAV末端重復(fù)序列(ITR)(即參考基因Reference)和rcAAV的連接序列(即靶基因Target),實現(xiàn)對rAAV和rcAAV的同時定量檢測。還研發(fā)了與之配套使用的宿主細胞殘留DNA樣本前處理試劑盒,以及配套的自動化核酸提取儀器。用于定量分析檢測各種使用AAV2血清型的重組腺相關(guān)病毒載體進行基因治療、腫瘤治療及疫苗研發(fā)等產(chǎn)品中可能發(fā)生的復(fù)制型腺相關(guān)病毒(rcAAV)的潛在風(fēng)險。


為什么非要檢測rcAAV,rcAAV到底有什么風(fēng)險?



//

產(chǎn)品資質(zhì)

  • 符合法規(guī):按照EP2.6.7、JP G3和USP 63藥典要求驗證,符合國際機構(gòu)的標準;

  • 配合審計:產(chǎn)品生產(chǎn)符合ISO13485質(zhì)量體系標準,有完善的審計文件;

  • 保障品質(zhì):試劑盒所需酶原料全自產(chǎn),且已產(chǎn)業(yè)化,供貨穩(wěn)定;

  • 技術(shù)經(jīng)驗積累:TaqMan法有技術(shù)沉淀,使得Kit靈敏度高;

  • 專注產(chǎn)品性能:Taq酶抗體庫,雙封閉抗體提高了Kit特異性、穩(wěn)定性等。


//

產(chǎn)品特點

  • 抗干擾性:針對復(fù)雜基質(zhì),樣本加標回收率至少能達到70-130%;

  • 靈敏度高:定量下限(LLOQ)為2copies/μL,檢測下限(LLOD)為0.125copies/μL;

  • 精密度高:批內(nèi)重復(fù)性高CV<10%,批間差異小即中間精密度CV<15%;

  • 專屬性強:特異性檢測目的基因序列,不受其他外源基因組DNA干擾;

  • 防干擾強:引入內(nèi)部質(zhì)控(IC),可排除樣本干擾、反應(yīng)配制異常等,避免假陰性。

  • 驗證完善:參考ICH Q2(R2)分析方法驗證指導(dǎo)原則,可提供完善的驗證報告


//

驗證內(nèi)容

rcAAV-2檢測驗證項目

參考標準or要求

備注

1、試劑盒標準品(參考品)

含有參考基因Reference和靶基因Target的質(zhì)粒DNA


2、線性范圍

標曲范圍

參考說明書或?qū)嶋H情況(ReferenceTarget均是2×1012×106copies/μL


R2

≥0.98P.s.本試劑盒≥0.99)

藥典要求

斜率

-3.1~-3.8P.s.本試劑盒-3.1~-3.6

藥典要求

擴增效率

90%~110%(P.s.對應(yīng)的斜率-3.1~-3.6,行業(yè)內(nèi)要求)


3、準確性

回收率

50%~150%P.s.本試劑盒70~130%)

藥典要求

4、精密度

重復(fù)性

CV<10%


中間精密度

CV<15%


5、專屬性

不受其他來源基因組DNA的干擾


6、靈敏度

定量限

ReferenceTarget均是2copies/uL


檢測限

ReferenceTarget均是0.125copies/uL


7、耐用性

儀器適用性

Thermo:ABI 7500、ABI QuantStudio5;

Bio-Rad:CFX96 Optic Module;

上海宏石:SLAN-96S.


8、穩(wěn)定性

加速穩(wěn)定性

37℃穩(wěn)定14天,2~8℃穩(wěn)定30天


反復(fù)凍融

≥10次


有效期

-25~-15℃保存2年


9、空白限

無模板對照(NTC)

重復(fù)48qPCR擴增曲線CT≥40


陰性抽提對照(NCS)

重復(fù)48qPCR擴增曲線CT≥40



//

產(chǎn)品信息

產(chǎn)品

貨號

品名

規(guī)格

樣本前處理

試劑盒

18461ES

MolPure® Magnetic Residual DNA Sample Preparation Kit

磁珠法殘留DNA樣本前處理試劑盒(瓶裝)

25T/100T

18467ES

MolPure® Mag48 Sample Preparation Kit FN

磁珠法48孔樣本前處理試劑盒FN(預(yù)封裝)

3×16T/

6×16T

核酸提取儀器

80511ES

48通道自動化核酸提取儀

48通量


rcAAV-2檢測試劑盒

41327ES

Replication-competent AAV Serotype 2 (rcAAV2) Detection Kit

復(fù)制型腺相關(guān)病毒血清型2 (rcAAV2)檢測試劑盒

50T/100T



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