含熒光蛋白的載體可作為轉(zhuǎn)染標記來轉(zhuǎn)染細胞，以進行活細胞標記。其不含MCS。在這些載體中，熒光蛋白可以持續(xù)表達，并且可以被熒光顯微鏡或流式細胞檢測到，因此可以提供可觀的轉(zhuǎn)染/共轉(zhuǎn)染或移植實驗后對細胞的監(jiān)控的證據(jù)。

轉(zhuǎn)染的細胞也可用于需要全細胞熒光標記的實驗。常用的熒光蛋白是綠色熒光蛋白（GFP），和紅色熒光蛋白（RFP）。 GFP和RFP均是監(jiān)控生理過程通用的生物標記，將蛋白定位可視化，且檢測體內(nèi)轉(zhuǎn)化的基因的表達，GFP可被488nm激光激發(fā)，且510nm處為比較合適檢測點。RFP可在488nm或532nm激發(fā)，且588nm處為比較合適的檢測點。