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讓醫(yī)學(xué)更：從蛋白質(zhì)組學(xué)加入癌癥登月計(jì)劃說(shuō)起

蛋白質(zhì)組學(xué)加入癌癥登月計(jì)劃

去年初，奧巴馬提出醫(yī)學(xué)；今年初，癌癥登月計(jì)劃（Cancer Moonshot 2020）讓醫(yī)學(xué)正式落地。隨后，科學(xué)家發(fā)文呼吁：生命活動(dòng)的實(shí)際承擔(dān)者、大部分的疾病標(biāo)志物、絕大多數(shù)的藥物治療靶標(biāo)都是蛋白質(zhì)，因此，癌癥登月離不開蛋白質(zhì)組學(xué)。隨著CPTAC針對(duì)TCGA腫瘤樣本蛋白基因組分析*期的完成，越來(lái)越多的科學(xué)家逐漸意識(shí)到蛋白質(zhì)組學(xué)對(duì)癌癥治療的重要性。

終于，今年7月，美國(guó)VA、DoD、NCI三部門聯(lián)合宣布將建立*個(gè)同時(shí)進(jìn)行基因信息和蛋白信息表征的醫(yī)學(xué)系統(tǒng)，把基因組和蛋白質(zhì)組作為常規(guī)檢測(cè)手段，對(duì)癌癥病人進(jìn)行個(gè)性化蛋白基因組表征，為更快速、更地用藥提供指導(dǎo)。*步將進(jìn)行8000個(gè)癌癥病人的隊(duì)列研究。

9月的HUPO上，CPTAC宣布將進(jìn)行TCGA腫瘤樣本第二期和第三期的蛋白基因組研究，開展大規(guī)模臨床實(shí)驗(yàn)，驗(yàn)證蛋白質(zhì)組層面的癌癥表征對(duì)更快速、更制定治療方案的指導(dǎo)作用。同時(shí)，7個(gè)國(guó)家和地區(qū)（澳大利亞、韓國(guó)、中國(guó)大陸、中國(guó)臺(tái)灣、瑞士、加拿大、德國(guó)）聯(lián)合宣布加入“癌癥登月計(jì)劃”，合作開展大規(guī)模癌癥樣本的蛋白基因組研究。

至此，蛋白質(zhì)組學(xué)正式加入“癌癥登月計(jì)劃”。做了十多年蛋白質(zhì)組的苦逼小編，終于看到了蛋白質(zhì)組學(xué)迎來(lái)曙光。

Thermo Fisher加入癌癥登月計(jì)劃

無(wú)*偶，作為*擁有基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組四大組學(xué)全部解決方案的工業(yè)界“巨無(wú)霸”，Thermo Fisher也在上個(gè)月宣布加入“癌癥登月計(jì)劃”，先定了個(gè)小目標(biāo)：*步將參與血液活檢數(shù)據(jù)庫(kù)（Blood Profiling Atlas）建設(shè)。

公司CEO Marc N. Casper在接受采訪時(shí)說(shuō)：“癌癥登月是一項(xiàng)雄心勃勃、困難重重的項(xiàng)目，需要人才和先進(jìn)的技術(shù)加入，我們將專注于率的癌癥篩查、診斷、監(jiān)測(cè)、治療，并將我們的專業(yè)技術(shù)和獲得的數(shù)據(jù)奉獻(xiàn)給醫(yī)學(xué)”。

Biognosis與Thermo Fisher聯(lián)合推廣臨床樣本數(shù)字化DIA-MS解決方案

蛋白質(zhì)組樣本數(shù)字化致力于將臨床樣本轉(zhuǎn)化為數(shù)字樣本。它是實(shí)現(xiàn)多組學(xué)層次的生命健康大數(shù)據(jù)，構(gòu)建數(shù)字樣本庫(kù)和疾病數(shù)據(jù)庫(kù)的利器。DIA-MS是蛋白質(zhì)組樣本數(shù)字化的技術(shù)：它重現(xiàn)性好、方法統(tǒng)一、定量準(zhǔn)確度高，特別適合規(guī)?；?biāo)準(zhǔn)化的組織、體液、活檢樣本的采集。

DIA-MS的推動(dòng)者是蛋白質(zhì)組學(xué)大牛Ruedi Aebersold，他于2012年發(fā)展的SWATH-MS被廣泛認(rèn)識(shí)。然而DIA-MS的規(guī)?；R床應(yīng)用存在兩個(gè)瓶頸：一是高靈敏、高分辨、高的質(zhì)譜技術(shù)，以獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)；二是快速、準(zhǔn)確、高通量、一鍵式的數(shù)據(jù)處理軟件，以更地解讀數(shù)據(jù)。

為了突破軟件瓶頸、更好地將樣本數(shù)字化推向臨床，Ruedi主導(dǎo)成立Biognosis公司，致力讓DIA-MS更快、更準(zhǔn)、更簡(jiǎn)單，其核心產(chǎn)品Spectronaut實(shí)現(xiàn)了超過(guò)1000個(gè)DIA原始文件同時(shí)分析（小編被震精了(⊙?⊙)）、一鍵式操作、*譜圖解析率、平均峰面積CV<10%等“壯舉”。剛剛on-line的Nature Biotech（doi:10.1038/nbt.3685）比較了目前常用的DIA-MS軟件，無(wú)論是準(zhǔn)確度、靈敏度還是速度，Spectronaut均排名*。

質(zhì)譜方面，Orbitrap技術(shù)的飛速發(fā)展有效突破了DIA-MS的硬件瓶頸。Biognosis公司配備了三臺(tái)質(zhì)譜均為Orbitrap，分別為Lumos, QE和QE HF。為什么Ruedi和Biognosis轉(zhuǎn)而選擇Orbitrap？事實(shí)已經(jīng)說(shuō)明了一切。

10月，Biognosis正式登陸中國(guó)，并與Thermo Fisher聯(lián)合，分別利用軟件和硬件優(yōu)勢(shì)，突破瓶頸，打通DIA-MS全流程，實(shí)現(xiàn)真正適用于臨床大規(guī)模樣本數(shù)字化的一鍵式DIA-MS解決方案，引發(fā)多家實(shí)驗(yàn)室的強(qiáng)烈關(guān)注和爭(zhēng)相試用。

蘇黎世大學(xué)醫(yī)院與Thermo Fisher合作建設(shè)臨床樣本數(shù)字化平臺(tái)

瑞士醫(yī)院——蘇黎世大學(xué)醫(yī)院（University Hospital Zurich）在今年HUPO宣布與Thermo Fisher合建數(shù)字化病理樣本實(shí)驗(yàn)室，將Thermo的DIA-MS解決方案用于癌癥活檢樣本數(shù)字化，構(gòu)建癌癥蛋白質(zhì)組數(shù)字樣本庫(kù)與數(shù)據(jù)庫(kù)，致力于在未來(lái)讓癌癥診斷和治療像Google檢索那樣簡(jiǎn)單。

該合作平臺(tái)的，ETH的Bernd Wollscheid博士同時(shí)宣布將基于該平臺(tái)開展“蘇黎世癌癥地圖”（Zurich-Cancer-Maps）項(xiàng)目，首期將進(jìn)行上萬(wàn)例癌癥病人活檢樣本的數(shù)字化和蛋白質(zhì)組表征，在蛋白質(zhì)組層面解讀基因組，尋找癌癥個(gè)性化治療新方案。

“賽魔”帶你“飛”——日趨成熟的蛋白基因組與多組學(xué)整合策略

隨著三篇CNS文章的報(bào)道和“癌癥登月計(jì)劃”的納入，蛋白基因組這一熟悉而又陌生的名詞逐漸進(jìn)入大家的視線。由于蛋白基因組的復(fù)雜性、臨床研究的嚴(yán)謹(jǐn)性，Orbitrap又成了目前*勝任蛋白基因組分析的平臺(tái)╮(╯▽╰)╭。

在剛剛結(jié)束的一年一度的華大基因ICG盛會(huì)上，Thermo Fisher生命科學(xué)質(zhì)譜副總裁Ken Miller博士受邀做大會(huì)報(bào)告，為大家詳細(xì)解讀了蛋白基因組的進(jìn)展、重要意義和實(shí)施方案。Ken Miller博士強(qiáng)調(diào)，蛋白質(zhì)組與基因組的結(jié)合，才能夠讓醫(yī)學(xué)更。

如果你還是對(duì)蛋白基因組一頭霧水，沒有關(guān)系，我們國(guó)內(nèi)的資深應(yīng)用工程師周岳關(guān)于蛋白基因組學(xué)與多組學(xué)整合的網(wǎng)絡(luò)講座視頻剛剛上線，他深入淺出地講解了蛋白基因組學(xué)到底在做啥、怎么做，滿滿的都是干貨。歡迎各位圍觀，相信一定能讓你拓寬視野。以下的視頻地址的二維碼。

除此之外，蛋白質(zhì)組學(xué)在表觀遺傳、免疫學(xué)研究中的重要性也逐漸顯現(xiàn)，各類會(huì)議報(bào)告、學(xué)術(shù)成果不斷，想深入了解的童鞋可以搜搜曹雪濤院士今年的文章和綜述，相信一定會(huì)有收獲。\(^o^)/YES!