1. 基因工程研究領(lǐng)域

①　基因表達研究：對β地中海貧血癥患者β與γ珠蛋白mRNA水平進行檢測，其結(jié)果特異性強、定量準(zhǔn)確，為了解β地中海貧血的分子病理機制及其臨床診斷提供了可靠的檢測數(shù)據(jù)。

②　轉(zhuǎn)基因研究：利用兩種發(fā)光探針及適當(dāng)?shù)难h(huán)閾值，擴增一個轉(zhuǎn)移后的基因和一個對照基因，以分析轉(zhuǎn)基因老鼠接合性。該方法為45個轉(zhuǎn)基因動物的同型結(jié)合及異質(zhì)結(jié)合提供了明確的鑒定結(jié)果。通過實時定量PCR檢測，同型結(jié)合的異質(zhì)接合動物交配后其子代中轉(zhuǎn)基因的傳遞情況符合孟德爾遺傳規(guī)律。這項技術(shù)在轉(zhuǎn)基因動物繁育及基因劑量功能效應(yīng)實驗中將有很大的用途。

③　單核苷酸多態(tài)性（SNP）及突變分析：實時熒光定量PCR一個誘人的應(yīng)用前景是用于檢測基于兩條探針和基因組的不穩(wěn)定性。基因突變基于兩條探針，一條探針橫跨突變點，另一條為錨定探針，與無突變位點的靶序列雜交。兩條探針用兩種不同的發(fā)光基團標(biāo)記。如靶序列中無突變，探針雜交便完全配對，如有突變，則探針與靶序列不完全配對，會降低雜交體得穩(wěn)定性，從而降低其熔解溫度（Tm）。這樣便可對突變和多態(tài)性進行分析。

2. 醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域

①　病原體檢測：由于實時熒光定量PCR方法可靠性和重復(fù)性好，并且操作簡便、快速、結(jié)果判斷客觀，目前，人們用此方法對人類免疫缺陷病毒、肝炎病毒、結(jié)核桿菌、巨細(xì)胞病毒、EB病毒、流感病毒A、流感病毒B等病原體的檢測。熒光定量PCR問世后的幾年中，積累了大量有關(guān)病原體核酸量與感染性疾病發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后之間關(guān)系的資料，這些研究資料不斷豐富，將形成感染性疾病的臨床分子診斷標(biāo)準(zhǔn)。

②　藥物療效考核：利用實時熒光定量PCR技術(shù)檢測臨床樣品中與抗藥性相關(guān)的基因的表達。結(jié)果證明，實時熒光定量PCR系統(tǒng)是定量檢測抗藥基因表達的可靠方法，應(yīng)用這種技術(shù)可以預(yù)測化療將引起的反應(yīng)。

③　腫瘤基因檢測：腫瘤的本質(zhì)是細(xì)胞內(nèi)基因發(fā)生了變化，是一種多基因異常的疾病，這些異常變化用實時熒光定量PCR方法都可以檢測出來。  目前用此方法進行過端粒酶hTERT基因、慢性粒細(xì)胞性白血病bcr/abl融合基因、腫瘤MDRI基因、白血病WTI基因、腫瘤ER基因、前列腺癌PSM基因、腫瘤相關(guān)的病毒基因等多種基因的表達檢測。隨著與腫瘤相關(guān)的新基因的不斷發(fā)現(xiàn)。熒光定量PCR技術(shù)將會在腫瘤的研究中發(fā)揮更大的作用。

3. 其他領(lǐng)域

用實時熒光定量PCR方法對免疫組分進行分析是其應(yīng)用的重要方面。