單細(xì)胞分離法是一種從待分離的材料中直接分離單個細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng)獲得純培養(yǎng)的方法。該法在顯微鏡下操作，對于體積較大的微生物，可以用毛細(xì)管提取微生物個體；對較小的細(xì)胞或孢子，可以用顯微針、鉤、環(huán)等挑取以獲得單細(xì)胞；也可將適當(dāng)稀釋后的樣品制成小液滴，在顯微鏡下選取只含有一個細(xì)胞的液滴培養(yǎng)。
毛細(xì)管分離法：對于較大的微生物，可采用毛細(xì)管提取單個個體，并在大量的滅菌培養(yǎng)基中轉(zhuǎn)移清洗幾次，除去較小微生物的污染。這項操作可在低倍顯微鏡，如解剖顯微鏡下進(jìn)行。
顯微操作法：對于個體相對較小的微生物，需采用顯微操作儀，在顯微鏡下進(jìn)行。目前，市場上有售的顯微操作儀種類很多，一般是通過機械、空氣或油壓傳動裝置來減小手的動作幅度，在顯微鏡下用毛細(xì)管或顯微針、鉤、環(huán)等挑取單個微生物細(xì)胞或孢子以獲得純培養(yǎng)。
小滴分離法：在沒有顯微操作儀時，也可采用一些變通的方法在顯微鏡下進(jìn)行單細(xì)胞分離，例如，將經(jīng)適當(dāng)稀釋后的樣品制備成小液滴在顯微鏡下觀察，選取只含一個細(xì)胞的液滴進(jìn)行培養(yǎng)以獲得純培養(yǎng)。細(xì)胞分離法對操作技術(shù)有比較高的要求，限于高度專業(yè)化的科學(xué)研究中采用。
單細(xì)胞的分離：從異質(zhì)性的細(xì)胞群體中分離單細(xì)胞，目前主要有三種選擇：手動分離、熒光激活細(xì)胞分選和微流體技術(shù)。當(dāng)然，除了成熟的方法，巧妙的新方法也在不斷涌現(xiàn)，能以更高的準(zhǔn)確性和特異性來分離單細(xì)胞。
如果你想要的細(xì)胞已經(jīng)處于懸浮狀態(tài)（比如循環(huán)腫瘤細(xì)胞），而且含量相對比較豐富，那么流式分選將是你的理想選擇。如果樣本是實體組織，我們可以用酶分解掉膠原和其他細(xì)胞外蛋白。不過，酶學(xué)消化對細(xì)胞影響較大，甚至可能改變基因轉(zhuǎn)錄情況。把組織細(xì)胞制備成懸液之后，我們就可以通過特異性的熒光標(biāo)簽分離出自己想要的細(xì)胞。進(jìn)一步拿到單細(xì)胞是比較棘手的一步，也許要借助微流體設(shè)備。
將細(xì)胞分散到懸液中，會失去它們在組織里的位置信息。如果你想了解單細(xì)胞所處的環(huán)境和它們以前的鄰居，就需要用到激光捕獲顯微切割技術(shù)。這種技術(shù)通過掃描組織切片來定位感興趣的細(xì)胞，并將其提取出來。操作者需要小心，以免切到細(xì)胞或細(xì)胞核。數(shù)量稀少的細(xì)胞只能用毛細(xì)管等器具手動獲取。
