單細胞分離是研究中困難的步驟之一，目前的分離策略主要分為三類：手動分離、熒光激活的細胞分選和微流體技術(shù)。
在進行單細胞轉(zhuǎn)錄分析之前，我們需要確定自己拿到了正確的細胞。如果你想要的細胞已經(jīng)處于懸浮狀態(tài)（比如循環(huán)腫瘤細胞），而且含量相對比較豐富，那么流式細胞分析將是你的理想選擇。如果樣本是實體組織，我們可以用酶分解掉膠原和其他細胞外蛋白。不過酶學(xué)消化對細胞影響較大，甚至可能改變基因轉(zhuǎn)錄情況。
把組織細胞制成懸液之后，我們就可以通過特異性的熒光標簽分離出自己想要的細胞，進一步拿到單細胞是比較棘手的一步，可能需要用到微流體設(shè)備。
單細胞分離法是一種從待分離的材料中直接分離單個細胞進行培養(yǎng)獲得純培養(yǎng)的方法。該法在顯微鏡下操作，對于體積較大的微生物，可以用毛細管提取微生物個體；對較小的細胞或孢子，可以用顯微針、鉤、環(huán)等挑取以獲得單細胞；也可將適當(dāng)稀釋后的樣品制成小液滴，在顯微鏡下選取只含有一個細胞的液滴培養(yǎng)。
對于個體相對較小的微生物，需采用顯微操作儀，在顯微鏡下進行。目前，市場上有售的顯微操作儀種類很多，一般是通過機械、空氣或油壓傳動裝置來減小手的動作幅度，在顯微鏡下用毛細管或顯微針、鉤、環(huán)等挑取單個微生物細胞或孢子以獲得純培養(yǎng)。
在沒有顯微操作儀時，也可采用一些變通的方法在顯微鏡下進行細胞分離，例如，將經(jīng)適當(dāng)稀釋后的樣品制備成小液滴在顯微鏡下觀察，選取只含一個細胞的液滴進行培養(yǎng)以獲得純培養(yǎng)。單細胞分離法對操作技術(shù)有比較高的要求，多限于高度專業(yè)化的科學(xué)研究中采用。
