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SNP全稱 Single Nucleotide Polymorphism,即單核苷酸多態(tài)性,主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中常見的一種。SNP所表現(xiàn)的多態(tài)性只涉及到單個(gè)堿基的變異,這種變異可由單個(gè)堿基的轉(zhuǎn)換(transition)或顛換(transversion)所引起,也可由堿基的插入或缺失所致。但通常所說的SNP并不包括后兩種情況。SNP是研究人類家族和動(dòng)植物品系遺傳變異的重要依據(jù),因此被廣泛用于群體遺傳學(xué)研究和疾病相關(guān)基因的研究。
根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)規(guī)模翼和提供兩種檢測平臺(tái),分別為中低通量檢測的PCR-LDR SNP分型服務(wù)(樣本量與位點(diǎn)數(shù)較少)和高通量的基于二代測序的Hi-SNP分型服務(wù)(樣本量與位點(diǎn)數(shù)較多)。
PCR-LDR技術(shù)是PCR技術(shù)和LDR(Ligase Detection Reaction,連接酶檢測反應(yīng))相結(jié)合的檢測技術(shù)。LDR是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對(duì)多基因多態(tài)性位點(diǎn)的識(shí)別。高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補(bǔ)的兩條寡核苷酸接頭對(duì)于處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯(cuò)配,則連接反應(yīng)就不能進(jìn)行,反之則可以進(jìn)行連接反應(yīng)。
該檢測技術(shù)適用于各類中低通量的SNP檢測規(guī)模,如QTL定位研究路線、候選基因或位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析、分子育種等。
Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù),對(duì)需要檢測的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分。混合樣本后,在illumina測序平臺(tái)上,對(duì)擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,最終獲得每個(gè)位點(diǎn)的SNP信息。高通量測序能一次對(duì)幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,相比其他的SNP檢測技術(shù),基于高通量測序的SNP分型具有更準(zhǔn)確、更靈敏的特點(diǎn)。
該檢測技術(shù)適用于很多的遺傳學(xué)研究領(lǐng)域,例如疾病基因組研究、腫瘤基因組研究、疾病與基因的關(guān)聯(lián)研究、臨床分子診斷研究等,在植物基因組研究中,可用于QTL定位及分子育種,非常適合大規(guī)模樣品的SNP分析。
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,至今已有十八年歷史。公司具備ISO9001與CMA資質(zhì),上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃。秉承"專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取“的企業(yè)精神,為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供細(xì)胞質(zhì)控類、健康檢測類與科研服務(wù)類的服務(wù)與產(chǎn)品。
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